Virus à ARN
Un virus à ARN est un virus qui utilise l'ARN comme matériel génétique, ou bien un virus dont la réplication du génome passe par un ARN intermédiaire.
Catégories :
Virus
Un virus à ARN est un virus qui utilise l'ARN comme matériel génétique, ou bien un virus dont la réplication du génome passe par un ARN intermédiaire. [1]Les virus à ARN appartiennent aux groupes III, IV ou V de la classification de Baltimore. Leurs acides nucléiques forment le plus souvent une chaîne d'ARN à simple brin (en anglais : "single-stranded RNA" (ssRNA) ) mais ils peuvent être aussi former une double chaîne ("double-stranded RNA ou dsRNA") ) [2]. L'Mondial Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) classe dans les virus à ARN ceux qui appartiennent au Groupe III, Groupe IV ou groupe V de la classification de Baltimore, un dispositif de classification des virus déjà ancien, et ne considère pas les virus utilisant un ADN intermédiaire, comme des virus à ARN. [3] Les principaux virus pathogènes de ces groupes sont le virus du SRAS, le virus Influenza et le virus de l'hépatite C. Walter Fiers (de l'Université de Gand en Belgique) fut le premier à établir le séquençage nucléotidique complet d'un gène en 1972 puis du génome d'un virus à ARN : le Bactériophage MS2-RNA en 1976) [4].
Un autre terme permettant de désigner les virus à ARN et excluant explicitement les rétrovirus, est celui de ribovirus. [5]
L'intérêt de cette classification est le fait que la réplication de l'ARN est sensible aux erreurs : l'ensemble des virus à ARN ont des taux de mutation particulièrement élevés parce qu'il leur manque des polymérases de l'ADN qui pourraient trouver et corriger de telles erreurs. Les virus à ADN ont des taux de mutation énormément plus faible. Voir aussi les rétrovirus.
Caractéristiques
Virus à ARN simple brin
Les virus à ARN peuvent aussi être classés selon la polarité de leur ARN en virus à polarité négative ainsi qu'à polarité positive, ou à double polarité. La polarité positive de l'ARN viral est semblable à celle des ARM messagers (ARNm) viraux et il peut par conséquent être immédiatement par la cellule hôte. L'ARN viral «antisens» est complémentaire de l'ARNm et doit par conséquent être convertis en ARN «sens»par une ARN polymérase avant la traduction. Comme tel, l'ARN purifié d'un virus à polarité positive peut provoquer directement une infection quoiqu'il puisse être moins infectieux que le virus entier. L'ARN purifié «antisens» d'un virus n'est pas infectieux par lui-même car il doit en premier lieu être en ARN à polarité positive, mais chaque virion peut être transcrits en ARN de polarité positive ou négative. Les virus à ARN à double polarité ressemblent aux virus à ARN «antisens», au détail près qu'ils transcrivent aussi des gènes à partir du brin positif. [6]
Virus à ARN double brin
Les virus à ARN double brin forment un groupe hétérogène de virus beaucoup répandus chez toute une gamme d'hôtes (humains, animaux, plantes, champignons et bactéries), le nombre de segments du génome (un à douze), et l'organisation du virion. Parmi les membres de ce groupe on compte les rotavirus, connus dans le monde entier comme étant la cause la plus fréquente de gastro-entérite chez les jeunes enfants, et le virus de la fièvre catarrhale du mouton [7] [8], un agent pathogène atteignant les bovins et les moutons avec d'importantes conséquences économiques. Ces dernières années, des progrès remarquables ont été accomplis dans la détermination, au niveau atomique et subnanométrique, de la structure d'un certain nombre de protéines virales clé constitutives de la capside du virion de plusieurs virus à ARN double brin, en soulignant des parallèles importants dans la structure et les processus de réplication de la plupart de ces virus. [2]
Taux de mutation
Les virus à ARN ont généralement un taux de mutation élevé, à défaut d'ADN polymérase qui pourrait repérer et corriger les erreurs, et sont par conséquent incapables de procéder à la réparation de l'ADN du matériel génétique endommagé. Les virus à ADN ont un taux de mutation beaucoup plus faible à cause de la capacité de correction des ADN polymérases sans l'intervention de la cellule hôte. [9] Les rétrovirus ont un fort taux de mutation, même si leur ADN intermédiaire s'intègre dans le génome de l'hôte (et est par conséquent soumis à relecture, une fois intégré à l'ADN de l'hôte), parce que les erreurs lors de la transcription inverse sont intégrés dans les deux brins de l'ADN préalablement à leur formation.
Bien que l'ARN mute généralement rapidement, un travail récent a révélé que le virus du SRAS et des virus à ARN apparentés contiennent un génome qui mute particulièrement lentement. [10] Le génome en question possède une structure complexe en trois dimensions qui est supposée apporter une fonction chimique indispensable à la propagation virale, peut-être comme un ribozyme. Ainsi, la majorité des mutations le rendraient impropre à cette fin et l'empêcherait de les propager.
Réplication
Les virus à ARN chez les animaux sont classés en trois groupes différents selon leur génome et de leur mode de réplication (de leur groupe dans l'ancienne classification de Baltimore) :
- Les Virus à ARN double brin (Groupe III) contiennent une douzaine de molécules d'ARN différentes, chacune codant pour une ou plusieurs protéines virales.
- Les Virus à ARN à simple brin à polarité positive (Groupe IV) utilisent directement leur génome comme s'il s'agissait d'un ARNm, produisant une protéine unique, qui est modifiée par l'hôte et des protéines virales qui forment les diverses protéines nécessaires à la réplication. L'une d'elles est la polymérase ARN-dépendante, qui copie l'ARN viral pour former une matrice réplicative à double brin, qui à son tour permet d'entraîner la formation de nouveaux virions.
- Les Virus à ARN à simple brin à polarité négative (Groupe V) dont le génome doit être copié par une ARN polymérase pour former un ARN à polarité positive. Cela veut dire que le virus doit emporter avec lui l'enzyme polymérase ARN dépendante. La molécule d'ARN de sens positif agit alors comme un ARNm viral qui est traduit en protéines par les ribosomes de l'hôte. La protéine qui en résulte continue à commander la synthèse de nouveaux virions, mais aussi les protéines de la capside et l'ARN réplicase, qui est utilisée pour produire de nouvelles molécules d'ARN de sens négatif.
- Les Rétrovirus (groupe VI) ont un génome d'ARN à simple brin, mais ne sont le plus souvent pas reconnus comme des virus à ARN, car ils utilisent des ADN intermédiaires pour se répliquer. La, une enzyme virale qui provient du virus lui-même après qu'il ait perdu sa membrane, convertit l'ARN viral en un brin d'ADN complémentaire, qui est copié pour produire une molécule d'ADN viral double brin. Par la suite cet ADN est intégré, l'expression des gènes codés peut entraîner la formation de nouveaux virions.
Groupe III - Virus à ARN à double brin (dsRNA)
- Famille des Birnaviridæ
- Famille des Chrysoviridæ
- Famille des Cystoviridæ
- Famille des Hypoviridæ
- Famille des Partitiviridæ
- Famille des Reoviridæ – incluant les Rotavirus
- Famille des Totiviridæ
- Genres non assignés
- Endornavirus
Source :[9]
Groupe IV - Virus à ARN simple brin à polarité positive (ssRNA)
- Ordre des Nidovirales
- Famille des Arteriviridæ
- Famille des Coronaviridæ – incluant le Coronavirus, Syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS)
- Famille des Roniviridæ
- Non assignées
- Famille des Astroviridæ
- Famille des Barnaviridæ
- Famille des Bromoviridæ
- Famille des Caliciviridæ – incluant le virus de Norwalk
- Famille des Closteroviridæ
- Famille des Comoviridæ
- Famille des Dicistroviridæ
- Famille des Flaviviridæ – incluant le virus de la Fièvre jaune, le Virus du Nil occidental, Virus de l'hépatite C, le virus de la Dengue
- Famille des Flexiviridæ
- Famille des Leviviridæ
- Famille des Luteoviridæ – incluant le Barley yellow dwarf virus
- Famille des Marnaviridæ
- Famille des Narnaviridæ
- Famille des Nodaviridæ
- Famille des Picornaviridæ – incluant le Poliovirus, le Rhinovirus, le virus de l'Hépatite A
- Famille des Potyviridæ
- Famille des Sequiviridæ
- Famille des Tetraviridæ
- Famille des Togaviridæ - incluant le virus de la rubéole, le virus de la Ross River, le Virus de Sindbis, le virus du Chikungunya
- Famille des Tombusviridæ
- Famille des Tymoviridæ
- Genres non assignés
- Genre des Benyvirus
- Genre des Cheravirus
- Genus des Furovirus
- Genre des Hepevirus – incluant le virus de l'hépatite E
- Genre des Hordeivirus
- Genre des Idæovirus
- Genre des Ourmiavirus
- Genre des Pecluvirus
- Genre des Pomovirus
- Genre des Sadwavirus
- Genre des Sobemovirus
- Genre des Tobamovirus – incluant le Virus de la mosaïque du tabac
- Genre des Tobravirus
- Genre des Umbravirus
Source :[9]
Groupe V – Virus à ARN simple brin à polarité négative (ssRNA)
- Ordre des Mononegavirales
- Famille des Bornaviridæ - Bornaviridæ
- Famille des Filoviridæ - incluant le virus Ebola, le virus Marburg
- Famille des Paramyxoviridæ – incluant le virus de la rougeole, le Mumps virus, le Henipavirus
- Famille des Rhabdoviridæ – incluant le virus de la rage
- Non assigné
- Famille des Arenaviridæ - incluant le virus de la fièvre de Lassa
- Famille des Bunyaviridæ – incluant le Hantavirus, le virus de la fièvre Congo-Crimée
- Famille des Orthomyxoviridæ – incluant les virus de la grippe
- Genres non assignés :
- Genre Deltavirus
- Genre Nyavirus [11] - includes Nyamanini and Midway viruses
- Genre Ophiovirus
- Genre Tenuivirus
- Genre Varicosavirus
Source :[9]
Voir aussi
- Classification des virus
- Antisens
- Virus à ARN double brin
- Retrovirus
- Virus à ADN
Références
- (en) Cet article est partiellement ou en totalité issu d'une traduction de l'article de Wikipédia en anglais intitulé «RNA virus» (voir la page de discussion) .
- ↑ MeSH, retrieved on 12 April 2008.
- ↑ Listing in Taxonomic Order - Index to ICTV Species Lists. Consulté le 2008-04-11
- ↑ Fiers W et al., Complete nucleotide-sequence of bacteriophage MS2-RNA - primary and secondary structure of replicase gene, Nature, 260, 500-507, 1976
- ↑ Drake JW, Holland JJ, «Mutation rates among RNA viruses», dans Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. , vol. 96, no 24, November 1999, p. 13910–3 [texte intégral lien PMID lien DOI]
- ↑ Nguyen M, Hænni AL, «Expression strategies of ambisense viruses», dans Virus Res. , vol. 93, no 2, 2003, p. 141–50 [lien PMID lien DOI]
- ↑ (en) Roy P, Animal Viruses : Molecular Biology, Caister Academic Press, 2008, «Molecular Dissection of Bluetongue Virus»
- ↑ (en) Roy P, Segmented Double-stranded RNA Viruses : Structure and Molecular Biology, Caister Academic Press, 2008, «Structure and Function of Bluetongue Virus and its Proteins»
- (en) Klein, Donald W. ; Prescott, Lansing M. ; Harley, John, Microbiology, Wm. C. Brown, Dubuque, Iowa, 1993 (ISBN 0-697-01372-3)
- ↑ Robertson MP, Igel H, Bærtsch R, Haussler D, Ares M Jr, Scott WG, «The structure of a rigorously conserved RNA element within the SARS virus genome», dans PLoS Biol, vol. 3, no 1, 2005, p. e5 [lien PMID lien DOI]
- ↑ Mihindukulasuriya K. A., Nguyen N. L., Wu G., Huang H. V., Travassos da Rosa A. P., Popov V. L., Tesh R. B., Wang D. (2009) Nyamanini and Midway viruses define a novel taxon of RNA viruses in the order Mononegavirales. J. Virol.
Liens externes
Recherche sur Google Images : |
|
"à partir des virus à ARN" L'image ci-contre est extraite du site jle.com Il est possible que cette image soit réduite par rapport à l'originale. Elle est peut-être protégée par des droits d'auteur. Voir l'image en taille réelle (712 x 637 - 47 ko - jpg)Refaire la recherche sur Google Images |
Recherche sur Amazone (livres) : |
Voir la liste des contributeurs.
La version présentée ici à été extraite depuis cette source le 16/11/2009.
Ce texte est disponible sous les termes de la licence de documentation libre GNU (GFDL).
La liste des définitions proposées en tête de page est une sélection parmi les résultats obtenus à l'aide de la commande "define:" de Google.
Cette page fait partie du projet Wikibis.
Accueil
Recherche
Début page
Contact
Imprimer
Accessibilité