Recombinaison virale du H5N1

La recombinaison virale est un des deux modes naturels d'évolution de nombreux virus à ARN (ces derniers sont bien plus instables que les virus à ADN).

Lorsque un organisme vivant est infecté par 2 virus, des fragments de gènes ou des gènes entiers peuvent être mélangés, et donner naissance à un nouveau virus viable ayant tout ou partie des propriétés des deux virus-source et/ou peut-être de nouvelles propriétés (de virulence surtout). C'est le cas pour la grippe saisonnière, ou pour les virus grippaux hautement pathogènes.

Les généticiens et les éco-épidémiologues traquent des séquences spécifiques du génome, ici reconnues comme marqueur, ou connus correspondre à des caractéristiques de pathogénicité.
exemple :
Mi-2006, après la publication du séquençage d'un virus de la région d'Omsk (celui du village Maximovka, district de Tyukalinsky où 86 poules sont mortes récemment ?), Recombinomic estime que c'est un indice qui plus est plaidant en faveur de preuves que le virus se recombine activement et souvent : on y trouve un polymorphisme C1261T, assez commun dans un sous-ensemble d'isolats du H5N1 provenant du Lac Qinghai. Cependant, ce polymorphisme a aussi été détecté dans les isolats de deux malades en Indonésie. De même, un autre polymorphisme détecté sur ce virus n'a pas été trouvé dans d'autres isolats de Qinghai, mais avait été détecté chez un des deux patients indonésiens dont les virus présentaient le polymorphisme C1261T, et chez un patient indonésien qui avait été infecté en 2005.

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